코드네임 X 시즌 1

책장 뒤 비밀 공간에서 숨겨진 한 권의 책을 발견한 강파랑. 엄마가 MSG라는 첩보국의 특수 요원이었다고? 놀람도 잠시, 엄마의 비명소리가 들리고 파랑은 책과 함께 과거로 타임 슬립을 한다. 뭐야, 여긴 어디지?

30년 전 과거로 오게 된 파랑. 바이올렛을 만나 위기에서 구해준 후 말하는 오리 스카우터9과 함께 도망친다. 하지만 웬 복면의 남자가 나타나 바이올렛이 가지고 있는 디스켓을 요구하는데...

건물을 탈출해 MSG 기지에 오게 된 강파랑. 분명 난 미래에서 왔는데 ‘코드네임X'라는 코드명이 있다니? 곧이어 바이올렛의 파트너로 선정되고, 이에 반발하는 R이 지켜보는 가운데 스파이 테스트를 받게 된다.

MSG에서 훈련을 하며 스타스키 박사에게 특별 장비를 받는 파랑. 그러던 중 불독 국장의 비밀 편지가 사라졌다! R과 함께 회수 작전을 맡게 되는 파랑. 파랑과 R은 비밀 편지를 되찾을 수 있을까?

세계 각지의 요원들이 습격을 받고 있다는 소식에 작전을 시작하는 MSG. 하지만 파랑과 바이올렛은 적들과 추격전을 벌이는 중에 가방을 잃어버린다. 한편 아지트에서 적과 싸우게 된 바이올렛은 이상함을 느끼는데...

한 여자가 MSG에 침입해 스타스키 박사를 납치해 가고, 복면남이 다시 등장해 MSG 요원들을 저지한다. 전투 중 드러난 그의 정체는 다름 아닌 전 MSG 요원인 시리우스K! 바로 그때, 전 세계에 방송되는 불타는 남자의 영상이 모두를 혼란스럽게 한다.

불타는 남자는 전 세계를 향해 24시간 이내에 항복하라고 선전포고 한다. 그리고는 곧바로 MSG 기지를 폭격해 버리고, 파랑과 바이올렛, R은 불타는 남자를 막으러 출동한다. MSG의 부르스타와 불타는 남자의 데스스톰의 추격전이 시작된다.

스타스키 박사 납치에 성공한 불타는 남자. 사실 그는 과거 MSG의 수석 연구원이었다. 불타는 남자는 세계 정복을 하기 위해 스타스키에게 최면을 걸고, 파랑과 바이올렛, R은 데스스톰에 잠입하기로 하는데...

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