
46분 보이저호를 접수한 케이존은 선원들을 황량한 행성에 버려둔다. 이제 보이저호를 되찾을 수 있는 이는 닥터와 패리스, 살인자 수더뿐이다.
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USS 보이저호가 무장 테러그룹 마퀴스에게 탈취된 우주선을 회수하는 임무 중에 생긴 알 수 없는 사고로 70,000광년 떨어진, 행성 연방의 최강의 적 '보그'가 살고 있는 델타 사분면으로 떨어지면서 귀환하는 과정을 그리고 있다. 시리즈 최초에는 약 75년이 걸릴 것으로 예상했으나 중간중간 여러 방법으로 이 기간을 23년까지 단축했고, 시즌 7 마지막 에피소드에서 시간 여행을 사용한 방법으로 남은 공간을 한 번에 넘어 귀환하게 된다. 최초 델타 사분면으로 떨어지게 된 사고로 인해 보이저호와 마퀴스쪽의 우주선 모두 상당한 피해를 보게 되어 다시 알파 사분면으로 돌아갈 수 있게 될 때까지 협력하기로 합의, 보이저호에서 말 그대로 "한 배를 타게 되는" 특이한 설정에다, 보그 종족 출신의 세븐 오브 나인을 비롯한 델타 사분면의 여러 원주민까지 선원으로 받아들이게 되어 스타 트랙 시리즈 중 가장 다양한 인종이 선원으로 등장하는 시리즈이며, 스타 트렉 TV 시리즈 중 유일하게 여성 함장을 등장시킨 시리즈이기도 하다. 아울러, 보이저는 함선 묘사에 실물 모델을 사용하지 않고 100% CG만으로 처리하게 된 최초의 스타 트렉 시리즈이다. 시리즈 초반에는 여전히 실물로 제작된 모델을 사용해 촬영했으나 시즌 3부터는 100% CG만으로 표현하게 된다.

46분 보이저호를 접수한 케이존은 선원들을 황량한 행성에 버려둔다. 이제 보이저호를 되찾을 수 있는 이는 닥터와 패리스, 살인자 수더뿐이다.
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46분 투박과의 마인드 멜드에 참여하는 제인웨이 선장. 술루 선장이 지휘한 USS 엑셀시어호에서 투박이 경험한 사건들을 관찰자가 되어 지켜본다.
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46분 톰 패리스와 해리 김은 폭탄 테러를 저질렀다는 누명을 쓴다. 제인웨이가 진범 생포에 성공하지만 톰과 해리는 감옥에 갇힌다.
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46분 보이저호는 일단의 소형 우주선으로부터 공격당한다. 닥터는 기억을 잃어가고, 토레스는 익숙한 홀로그램으로 구동하는 프로그램을 활성화한다.
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46분 원시 행성에서 신을 자칭하는 2명의 페렝기인을 만난 후, 보이저호의 선원들은 인근의 웜홀을 이용하여 지구로 귀환할 계획을 세운다.
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46분 토레스 대위는 또 다른 인생과 또 다른 사랑, 그리고 또 다른 행성에 대해 생생한 꿈을 꾸기 시작한다.
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46분 케스가 행성의 성역에서 에너지 빔 때문에 다치고, 제인웨이는 그녀의 목숨을 구하려면 영적 탐구를 수행해야 한다.
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46분 시간여행선이 보이저호와 함께 20세기로 이동한 가운데, 선원들은 미래 기술을 이용해 수익을 얻는 1996년의 기업을 발견한다.
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46분 난파된 시간여행선에서 약탈한 29세기 기술로 부자가 된 헨리 스탈링은 자신의 탐욕을 채우고자 미래로 시간여행을 떠날 계획을 세운다.
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46분 죽어가던 군 지도자가 케스의 몸을 차지한 후 자신의 고향 행성을 되찾겠다는 결의를 다진다.
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46분 보이저호와의 최근 만남에서 Q가 사망하자 새로운 Q를 낳아야 하는 상황이 된다. 엔터프라이즈호에 알려진 장난꾸러기 Q는 제인웨이를 짝짓기 상대로 원한다.
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46분 첫 접촉 임무를 마치고 돌아온 제인웨이와 닐릭스, 닥터는 미생물의 습격으로부터 보이저호를 구해야 한다.
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46분 보이저호가 자신이 전혀 알지 못하는 우주 구역으로 향하자, 닐릭스는 평판이 좋지 않은 친구에게 해당 구역의 지도를 얻으려 한다.
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46분 해리 김은 닐릭스의 폴리네시아 리조트 홀로그램 덱 프로그램의 캐릭터인 마레이나와 사랑에 빠진다.
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46분 행성에 추락한 차코테와 제인웨이는 타임 루프 안에 갇히고, 이곳에서 제인웨이는 사망한다.
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46분 보릭 소위는 벌칸의 짝짓기 의식을 치른다. 강력한 화학적 불균형이 벨라나 토레스에게도 영향을 미쳐 비이성적인 행동을 유발한다.
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46분 차코테는 은하계 전역에서 온 동화되지 않은 보그 드론들이 있는 행성을 발견한다.
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46분 닥터는 몇몇 역사적 인물의 인격을 프로그램에 포함시키고, 벨라나는 부정적인 결과가 나타날 수 있다고 닥터에게 경고한다.
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46분 쏟아지는 소행성에 포위된 채 닐릭스와 투박은 한 행성의 지표면에서 옴짝달싹할 수 없게 되고, 투박의 부정적인 태도는 닐릭스의 심기를 건드린다.
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46분 기묘한 DNA 변화를 경험하기 시작한 김은 본능적으로 보이저호를 한 행성으로 이끌고, 그곳에 거주하는 종족은 김이 자신들과 같은 종족이라고 주장한다.
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46분 죽음이 임박한 케스는 생의 일부가 과거로 이동하는 것을 경험한다. 닥터는 케스의 수명을 연장하기 위한 실험적 수술을 개발한다.
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46분 닥터는 홀로그램 가족을 만들고, 이 시뮬레이션이 지나치게 "완벽"하다고 느낀 벨라나는 실제와 가깝도록 프로그램을 수정한다.
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46분 케이존이 보이저호 선원들을 최근 추방한 행성에서 2명의 보스족 과학자가 한 선원의 유해를 발견한다.
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46분 보이저호의 선원들이 하나씩 낯선 이들로 대체되고, 이렇게 대체된 이들은 자신들이 왜 보이저호에 와 있는지 알지 못한다.
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46분 몇몇 보이저호 선원들은 보이저호의 마키 일원들이 반란을 일으키는 내용의 비밀 홀로그램 덱 프로그램에 남몰래 참여한다.
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46분 보그 우주에 진입하기 직전, 보이저호의 선원들은 보그마저도 감당할 수 없을 정도로 파괴적인 위협을 발견하게 된다.
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